提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
消费复苏“年夜饭”回归 市场监管保“舌尖安全”******
本报讯(记者 王薇)“我们除夕‘年夜饭’午餐和晚餐的包间全部订满了,初一到初五的包间也只剩下了少量的晚餐可以预订,今年红火的‘年夜饭’让餐饮人看到了希望。”昨天,中华老字号同庆楼北京区总经理周泽春对北京青年报记者说。面对今年消费逐步复苏后回归的“年夜饭”,本市市场监管部门提前入手开展专项检查。连日来,执法人员摸底辖区内各餐饮企业接单“年夜饭”的情况,做到心中有数;走进后厨,检查原料进货和食品添加剂的使用;紧盯各种套餐价格,严查开瓶费等违规收费,为市民守护“舌尖上的年味”。
昨天上午10点30分,北青报记者跟随东城区市场监管局建国门街道所的执法人员走进同庆楼(金宝汇店),对这里的“年夜饭”准备情况进行检查。进门处的食品安全信息公示栏中,公示着企业的《食品经营许可证》、从业人员健康证以及店内食品安全管理员等信息。“食品安全无小事,这些公示信息都要有,全部向消费者公开。”副所长牛玉龙说。
随后,执法人员又走进同庆楼的后厨,检查了其食品原材料进货查验和索证索票制度,提示商家要定期对库存食品进行清理,严禁使用过期食品或腐败变质食品。凉菜制作间是餐饮食品检查中监管规格最高的,每一名进入凉菜间的人员都有着严格的着装和消毒要求,进门洗手消毒,帽子、手套、口罩等一样也不能少;在后厨的墙上,北青报记者还看到了各种记录,原材料采购变更记录、冷库温度记录、冷菜果蔬间消毒记录以及冷库原料进出台账等。“每一项都要清清楚楚,你看这个,原材料备货的变更都能够及时记录并更新,商家的工作很细致。”牛玉龙说。检查完后厨,牛玉龙和同事还对同庆楼年夜饭的预订情况进行了了解,特别针对节日期间从业人员的在岗情况进行了统计,提示企业科学评估接待能力,避免超出加工能力接餐。
周泽春告诉北青报记者,目前,同庆楼(金宝汇店)“年夜饭”的预订十分火爆,为了回馈消费者,他们推出了600元到1000元多种价位的套餐,消费者也可以预订零点的菜品,同时,今年他们还推出了“年夜饭”的外卖套餐和预制菜的家宴礼盒,全方位满足不同消费者的需求。
北青报记者了解到,东城区市场监管局于1月11日启动了2023年度春节期间餐饮环节食品安全检查,重点对提供“年夜饭”服务的餐饮企业开展专项监督检查,在开展线下监督检查的同时,同步检查门店在外卖平台上的名称、地址、经营范围、许可证资质等信息,督促餐饮单位线上线下经营保持一致,严查“幽灵餐厅”和线上超许可经营行为。
(文图:赵筱尘 巫邓炎)